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１．公益法人とは
(1)
公益法人制度改革前
従来の民法34条に基づいて設立された公益法人(社団法人、財団法人)
(2)
公益法人制度改革
平成12年12月１日に閣議決定された「行政改革大綱」に始まった一連の公益法人制度改革により、次のいわゆる公益法人制度改革関連三法が平成18年6月2日に交付された。
また、この改革により民法34条の法人に関する規定は削除された
① 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律(以下「一般法」という。)
② 公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律(以下「認定法」という。)
③ 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律(以下｢整備法｣という。)
(3)
現行の公益法人現行では、公益法人は、一般法により設立された社団法人または財団法人であって、認定法により公益性の認定を受けた法人をいい、公益社団法人と公益財団法人を合わせた総称。
２．新会計基準の改正の経緯と主な改正点
前回改正から相当期間経過し、その間、公益法人をめぐる社会的及び経済的環境が大きく変化してきている状況にかんがみ、平成12年4月から改正作業が進められ、平成16年10月に公表されるに至った。新会計基準では、公益法人でも事業の効率性に関する情報を充実させる必要が生じていること、一部公益法人による不祥事等を受けて、公益法人の事業活動の状況を透明化が必要となった。
寄付者等（会員等を含む）から受入れた財産の受託責任についてより明確にすることを通じて、広く国民に対して理解しやすい財務情報の提供が求められていること、公益法人の活動内容は広く国民一般も関心を持っていること等に対応することを改正の方針とした上で、次のような改正を行っている。
(1)
収支計算書を財務諸表の範囲から除いた。
従来の資金収支計算を中心とする体系を見直した。
・ 財務諸表は「貸借対照表」「正味財産増減計算書」及び「財産目録」から構成される。
・ 「収支予算書」及び「収支計算書」は会計基準の範囲外の内部管理事項とされた。
(2)
大規模公益法人へキャッシュ・フロー計算書作成の義務付け
・ 大規模法人はその財務内容に対する関心が多数の利用者から向けられている。
・ 資産及び負債の内容が多様かつ複雑となっている。
(3)
正味財産の部を指定正味財産と一般正味財産とに区分表示することとした
･寄付者等から受入れた財産に対する法人の受託責任を明確化するため
(4)
正味財産増減計算書をフロー式に統一した。
・正味財産の増加原因及び減少原因に分けてその両者を総額で示す様式に統一。
・正味財産の増加原因を収益とし、減少原因を費用として表示する。
(5)
財務諸表に対する注記の充実
・ 関連当事者間取引
・ 有価証券の時価情報
３．新・新会計基準の改正の経緯と主な改正点
平成18年に公益法人制度改革関連三法の成立し、新公益法人制度を踏まえた会計基準を整備する必要が生じたため、｢内閣府公益認定等委員会｣において、改めて公益法人会計基準を定めたものである。
新・新会計基準において、平成16年改正からの主な変更点として以下の5項目が揚げられている。
(1)
会計基準の体系
会計基準及び注解部分を本会計基準とし、別表及び様式部分は運用指針として取り扱われることとなった
(2)
財務諸表の定義
財産目録は財務諸表の範囲から除かれた。
(3)
附属明細書の新設
一般法で附属明細書の作成が定めらたが、新会計基準では附属明細書に関する規定が設けられていないため、新・新会計基準においてこれが定められた。
(4)
基金に関する規定の創設
一般法において一般社団法人では基金設定可能である旨の定めが設けられているが、新会計基準では基金に関する規定が設けられていないため、新・新会計基準においてこれが定められた。
(5)
会計区分
財務諸表の会計区分が総括表方式から内訳表方式となった。
４.会計基準の適用範囲と適用時期
(1) 新会計基準
1) 適用範囲
全ての公益法人（民法第34条法人、社団法人、財団法人）
2) 適用時期
平成18年4月1日以降開始する事業年度からできるだけ速やかに実施する。
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基準
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割合
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法人数
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新会計基準
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52.8％
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13,014法人
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旧会計基準
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30.6
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7,531
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その他
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16.6
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4,103
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合計
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100.0％
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24,648法人
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（平成20年度公益法人白書）
(2) 新・新会計基準
1) 適用範囲
① 公益社団・財団法人
(ｱ) 一般に公正妥当と認められる公益法人の会計基準その他の公益法人の会計の慣行をしん酌しなければならない。（認定法施行規則第12条）
(ｲ) これは特定の会計基準を義務付けるものではない。したがって新会計基準を適用することも可能である。ただし、どのような会計基準を選択する場合であっても、法令で定められた書類を法令に則った方法により作成し、提出する必要がある。
(ｳ) 新・新会計基準は、新たに法律で定められた附属明細書や基金をはじめ、公益法人に求められる区分経理や公益目的で保有する財産の表示を含めているので、法人の会計処理の利便に資するものと考えられる。
(ｴ) なお、法令上作成が必要な書類や公益認定基準のうち財務会計関係の基準は損益計算をベースとしており、旧会計基準に基づく資金収支ベースで作成する計算書類では、法律で求められている書類とはみなされないと考えられるので、損益計算を基礎とした会計基準に基づき、計算書類等を作成することが必要となる。
② 一般社団・財団法人
(ｱ) 一般に公正妥当と認められる会計の基準その他の会計の慣行をしん酌しなければならない。（一般法施行規則第21条）
(ｲ) これは、特に義務付けられている会計基準はなく、新会計基準や企業会計の基準を適用することも可能であるが、どのような会計基準を選択する場合であっても、法令に則った書類を作成することが必要となる。
(ｳ) 貸借対照表及び損益計算書並びにこれらの附属明細書の作成が義務付けられている。（一般法第123条）
ここにおいて義務付けられている書類は、損益計算をベースとして作成することを求めているため、例えば、旧会計基準に基づく資金収支ベースで作成されている計算書類では、法律で求められている書類とはみなされないと考えられるので、損益計算をベースとした会計基準に基づき、計算書類等を作成することが必要である。
(ｴ) なお、新公益法人制度に合わせて作成した新・新会計基準は、新たに法律で定められた附属明細書や基金も含む会計基準であるので、法人の会計処理の利便に資するものと考えられる。
③ 特例民法法人が公益法人に移行した場合
上記①に準ずる。
④ 特例民法法人が一般社団・財団法人に移行した場合
上記②に準ずる。
2) 適用時期
① 平成20年12月1日以後開始する事業年度から実施する。
② 経過措置（新・新会計基準の運用指針．附則２）
特例民法法人は、平成20年12月1日以後開始する最初の事業年度に係る財務諸表は、新会計基準を適用して作成することができる。
５．公益法人の税務
（１）公益法人制度改革に対応した税務
公益法人制度改革により、関係税制の整備が行われた。主な比較表は以下のとおりである。
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区分
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特例民法法人
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公益社団・財団法人
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一般社団・財団法人
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課税対象
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収益事業
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収益事業
公益目的事業は非課税
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非営利型法人は収益事業
特定普通法人は全所得課税
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税率
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軽減税率
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資本金等が1億円以下の普通法人等と同等の税率
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同左
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みなし寄付金
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(収益事業)－(非収益事業に支出した金額)
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(収益事業)－(公益目的事業に支出した金額)
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該当なし
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損金算入限度額
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(所得金額)×20%
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① (所得金額)×50%と
② みなし寄付金の大きい金額
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該当なし
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利子等の源泉所得税
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非課税
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非課税
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課税
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（２）消費税
公益法人も基準期間（前々事業年度）の課税売上が1,000万円超の場合には課税事業者となるが、収入のうち、利息収入は「非課税売上」となり、会費収入、寄付金収入及び補助金収入は「特定収入」に該当する。
なお、基準期間の課税売上高が5､000万円以下の場合には、簡易課税制度の適用も認められている。
６．法人格における法人税制の相違
（１） 公益法人
認定法上の公益目的事業については非課税であり、収益事業から公益目的事業に支出した金額すべてが公益目的事業により使用されている、又は使用することが確実であれば、みなし寄付金の損金算入限度額の枠がない。そのため、法人税に関しては事実上非課税であるとともに、利子等の源泉所得税についても非課税となってあり、極めて税制上優遇されている。公益認定を受けるのは、時期が早いほど有利となる。
（２） 特例民法法人
収益事業のみ課税となっているが、税率が２２％となっており、みなし寄付金制度の適用があり、また、利子等の源泉所得税についても非課税となっている。
（３） 非営利型法人
特例民法法人と同じく収益事業課税であるが、税率については所得金額が800万円までは２２％、それを超える所得金額については３０％の2段階税率となっている。また、みなし寄付金制度が適用されず、利子等の源泉所得税についても非課税規定が適用されていない。
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